Madrasah Tsanawiyah An-Nawa bernaung di Pondok Pesantren Modern An-Nawa, yang merupakan pondok pesantren modern di Pengoreng Pulo Ampel, Kabupaten Serang, Provinsi Banten. Pondok Modern An-Nawa didirikan pada tahun 2010 oleh KH. Bukhori, S.Ag, tahun yang sama ketika angkatan pertama santri mulai belajar. Awalnya, santri MTs An-Nawa secara formal terdaftar di MTs El-Rahma Kota Serang, kemudian pindah ke MTs Al-Khairiyah Pengoreng demi mempermudah dan mempercepat koordinasi.

Pada tahun 2016-2017, An-Nawa mulai mempersiapkan berbagai hal yang diperlukan untuk mendirikan madrasahnya sendiri, baik infrastruktur maupun sumber daya manusia (SDM). Pada tahun 2018, seluruh dokumen dan persyaratan untuk pengajuan izin operasional telah disiapkan, sesuai dengan Kepdirjen Pendis No. 1385 Tahun 2014 tentang Petunjuk Teknis Pendirian Madrasah oleh masyarakat. Tepat pada tanggal 2 November 2018, An-Nawa mengajukan proposal permohonan izin operasional ke Kantor Kementerian Agama (Kemenag) Kabupaten Serang. Pengajuan tersebut diterima dan dinyatakan lengkap dengan beberapa catatan oleh Penma Kemenag Kab. Serang.

Pada Tahun 2019 menjadi tahun perjuangan karena bolak-balik antara An-Nawa dan Kemenag untuk memantau perkembangan dan melakukan komunikasi intensif dengan Kemenag, namun belum ada hasil yang signifikan. Baru pada tahun 2020, setelah berkoordinasi dengan Kanwil Kemenag Provinsi Banten, ada perkembangan signifikan. Kemenag Kabupaten Serang meminta agar An-Nawa mengajukan ulang izin operasionalnya karena telah melewati batas tahun anggaran.

Proses pengajuan ulang dilakukan melalui aplikasi Izop online pada 7 September 2020, disertai dengan pengiriman berkas fisik proposal pada 25 September 2020. Pada 29 Desember 2020, dilakukan visitasi atau verifikasi lapangan oleh tim Kemenag Kabupaten Serang, yang terdiri dari Kasi Penma Bpk. H. Muhtadi, Ibu Titin Perihatini, dan Bpk. Rahmat Hidayat. Visitasi berjalan lancar dan memberikan hasil positif.

Pada tahun 2021, proses berlanjut ke tahap pembuatan berita acara dan rekomendasi oleh Kemenag Kabupaten Serang yang kemudian diteruskan ke Kanwil Kemenag Provinsi Banten. Pada 5 Maret 2021, rekomendasi resmi dikirimkan ke Kanwil Kemenag Provinsi. Setelah menerima rekomendasi pada 6 April 2021, Kanwil Kemenag Provinsi Banten mengadakan rapat pertimbangan pada 19 April 2021, yang menghasilkan keputusan untuk memberikan izin operasional kepada MTs An-Nawa.

Akhirnya, pada 22 April 2021, MTs An-Nawa resmi mendapatkan Surat Keputusan (SK) izin operasional dari Kepala Kanwil Kemenag Provinsi Banten dengan nomor 369 Tahun 2021, Nama Madrasah MTs An-Nawa, Nomor Statistik Madrasah 121236040208. Dengan demikian, MTs An-Nawa secara resmi berdiri sebagai lembaga pendidikan yang sah di bawah naungan Kementerian Agama.

Kepala madrasah pertama MTs An-Nawa adalah Nasuhi, S.Pd.I,. Ketua Yayasan An-Nawa dan juga pimpinan Pondok Pesantren Modern An-Nawa adalah KH. Bukhori, S.Ag., yang memiliki peran sangat penting dalam mendirikan dan mengembangkan pondok pesantren ini.

Sejak mendapatkan izin operasional, MTs An-Nawa terus berkembang dan berkontribusi dalam mencetak generasi yang berprestasi dan berakhlak mulia. Dengan dukungan infrastruktur dan sumber daya yang semakin matang, MTs An-Nawa kini menjadi salah satu lembaga pendidikan yang penting karena menyatukan pendidikan agama dan pengetahuan umum yang relevan dengan tantangan zaman.

Dengan infrastruktur yang semakin baik dan sumber daya manusia yang kompeten, MTs An-Nawa terus tumbuh dan berkontribusi dalam dunia pendidikan, mempersiapkan santri-santri unggul untuk masa depan yang cerah.